เครื่องมือสำหรับการวาดพันธะโมเลกุล สามารถเลือกใช้ได้จากกรอบสีฟ้า เช่น พันธะเดี่ยว, พันธะคู่, พันธะสาม, โครงสร้างโมเลกุลแบบสายโซ่, โครงสร้างโมเลกุลแบบวงแหวน

• การวาดพันธะ ให้คลิกที่เครื่องมือที่ต้องการ เช่น พันธะเดี่ยว, พันธะคู่ หรือ พันธะแบบลิ่ม (wedge) และคลิกที่ใดก็ได้บนพื้นที่สำหรับการวาดโครงสร้างโมเลกุล หากต้องการจะเพิ่มอีกพันธะให้คลิกที่ปลายพันธะที่มีอยู่แล้วและต้องการจะต่อก็จะปรากฏพันธะใหม่ขึ้น
• หากต้องการเปลี่ยนรูปแบบพันธะที่มีอยู่แล้ว เช่น เปลี่ยนพันธะเดี่ยวไปเป็นพันธะเส้นประ (dashed) สามารถทำได้โดยการกดเครื่องมือชนิดพันธะที่ต้องการ แล้วจึงคลิกไปตรงกลางพันธะที่ต้องการเปลี่ยน
• การวาดโครงสร้างแบบสายโซ่ สามารถกดค้างและลากไปบนพื้นที่สำหรับการวาดโครงสร้างโมเลกุลได้เลย

เครื่องมือสำหรับการเลือกธาตุ และหมู่ฟังก์ชัน สามารถเลือกใช้ได้จากกรอบสีเขียว

• คลิกที่ธาตุที่ต้องการและคลิกที่พื้นที่สำหรับการวาดโครงสร้างโมเลกุล หรือปลายพันธะที่ต้องการให้ธาตุนั้นๆอยู่
• สามารถเลือกธาตุได้โดยการกดตัวอักษรที่เป็นชื่อธาตุบน Keyboard (C, N, O, P, S, F, L (for Cl), B (for Br), I, H, or R)
• หากต้องการธาตุที่นอกเหนือจากที่มีให้เลือก สามารถทำได้โดยการกดที่ [X] และพิมพ์ชื่อธาตุที่ต้องการ

Types of bonds to be drawn can be selected from those in the blue rectangle such as single bonds, double bonds, triple bonds, chain drawing, and cyclic structures.

• Drawing a bond can be done by clicking a desired bond type, e.g., single bond, double bond, or wedge bond, and click again at the drawing area. Click on an end of any existing bond will extend another bond to that end.
• If wishing to change the type of an existing bond, e.g., changing from a single bond to a dashed bond, this can be done by clicking the desired bond type and then clicking in the middle of the existing bond to be changed.
• Chain drawing can be drawn by holding a left click and then dragging on the drawing area.

Elements and functional groups can be selected from those in the green rectangle.

• Click on any desired element and click again on either the drawing area or an end of a bond to be replaced by that element.
• Elements can be selected by pressing the letter corresponding to such element, e.g., C for carbon and N for nitrogen. Exceptions are L for Cl, B for Br, and R for an undesignated alkyl group (R group).
• Additional elements can be added by clicking X and type a desired element.